L´icnologia è considerata disciplina relativamente giovane delle scienze della terra, anche se come i comuni fossili, i segni e tracce lasciati da organismi del passato (soprattutto di vertebrati) erano state notate già nell'antichità. A quei tempi furono interpretati in chiave mitologica, come impronte lasciate da dei,santi o perfino mostri. Ancora nel 1800 impronte tridattile ritrovate in sedimenti del Giurassico del Connecticut furono attribuite al corvo liberato da Noe dopo il diluvio universale. 
Una delle prime interpretazioni scientifiche di cui siamo a conoscenza proviene dal genio di Leonardo da Vinci (1452-1519), che osservando particolari segni sulla superficie degli strati di rocce scrive: 

"Come nelle falde, infra l´una e l´altra si trovano ancora gli andamenti delli lombrici, che caminavano infra esse quando non erano asciutte"

Purtroppo come molte scoperte di Leonardo, anche questa non fu mai pubblicata e non contribuisce allo sviluppo delle scienze geologiche. 

Anche la prima pubblicazione naturalistica su delle impronte fossili è italiana e data indietro al 1648, il "Musaeum Metallicum" del filosofo e naturalista Ulisse Aldrovandi (1522-1605). Aldrovandi descrive varie forme e fossili, che in parte riconosce come resti di organismi pietrificati. Anche le scoperte e conoscenze di Aldrovandi, in contrasto con la religione di quei tempi, furono ignorate e dimenticate.